HistoriqueL’homme s’est installé dans la vaste plaine comprise entre Saône et Doubs dès les périodes préhistoriques, comme en témoignent les vestiges archéologiques de la région. L’histoire de Saint-Aubin se divise en trois périodes bien distinctes. La période gauloise : On peut penser que le village existait déjà durant la période gauloise car le fossé elliptique qui environnait une partie du bourg appartient à cette période. Les pièces d’or, d’argent et de bronze, trouvées en 1843, les bracelets en bronze, les débris de hachette, de dard de lance à douille, les faucilles de bronze font présumés que les habitants sont descendants des Gaulois. La période gallo-romaine : Le recensement par les services du ministère de la culture de nombreuses voies de communication et de villas démontre une période gallo-romaine importante. Une voie romaine se dirigeant de Besançon à Autun par Tavaux, passait au Nord du bourg. A proximité d’une ancienne redoute circulaire, construite par les romains, furent découvertes des armes, lances en bronze, flèches de fer, haches servant aux sacrifices datant de cette époque. Epoque féodale : Il semblerait que Saint-Aubin ait appartenu aux Rois bourguignons dès le Vème siècle, et que par la suite, le territoire ait été géré par des seigneurs locaux au cours du Moyen-Age. Le bourg naissant prit le nom d’Albienne ou Alblinus, comme en témoigne une charte de l’an 785. Au IXème siècle, des Bretons fuyant l’invasion des Normands vinrent s’établir au nord d’Alblinus, et en 1046, substituèrent à ce nom celui presque identique de Sanctus Alblinus leur patron, puis Saint-Albin, et enfin Saint-Aulbin en 1292. Le premier document authentique qui fasse mention de Saint-Aubin est la donation de l’église faite en 1046 par Hugues, archevêque de Besançon. Cette terre bourguignonne fut reprise en fief par Jean de Chalon l’Antique en 1237. Il y eut de nombreuses rivalités entre la maison de Bourgogne et les De Chalon, puis d’autres familles nobles telles que les De Toulongeon, sires de Marnay, De Neuchatel etc… Au cours des XIV-XVème siècles, le village s’entoure d’édifices défensifs (palissade, pont-levis …), et ses rues sont pavées, témoignant de l’importance du bourg à cette époque. Le village comptait alors 520 maisons soit près de 3000 habitants. Un château fut construit en 1345 par Philippe de Vienne (détruit pendant la guerre de dix ans). En 1446, Saint-Aubin passa à Louis de Marenches qui en fit don à ses souverains, puis à Jacques de Vienne, comte de Commarin, baron de la Borde. En 1604, il fut réuni au comté de Bourgogne. A partir de 1703, les différents hameaux qui composaient Saint-Aubin furent démantelés et vendus. En 1791, le village fut désigné comme chef-lieu de canton jusqu’en 1801.
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