Cette commune se trouve à l’extrême nord-ouest du canton, à 14 km de Mauvezin. Bajonnette appartenait à la vicomté de Fezensaguet et au diocèse de Lectoure.

Le village est un ancien castelnau situé au carrefour de vieux chemins formant une étoile. Appelé Baroneta puis Baïoneta au XIVe siècle, son nom s’écrivait encore Bayonnette au début du XXe siècle.

L’ancien château fort (cité en 1295) se trouvait sur une motte occupée actuellement par le presbytère. La seigneurie eut autrefois deux autres maisons nobles : l’une à la “Salle du Roy” et l’autre à la “Salle de la Come”. Parmi les coseigneurs citons les familles de Montgaillard et de Preissac.

Bajonnette fut sévèrement touchée à l’époque des guerres de Religion. En 1589, une troupe huguenote s’empara de Bajonnette, brûla l’église et massacra les consuls. L’ancienne église de Bachan fut également détruite à cette époque. En 1616, il y avait encore une garnison protestante…