Les armoiries du Fleix, adoptées par le conseil municipal le 20 juin 1997, se blasonnent comme suit :
« Aux 1 & 4 d’or à la croix de sable chargée de cinq coquilles d’argent. »
(Là sont reprises les armes de la famille de Grailly, comtes de Foix, de Gurson et Fleix, dont l’un prépara la Paix du Fleix de 1580 dite « Paix des amoureux »)

« Aux 2 & 3 de sinople à chevron diminué d’argent, surmonté d’un pont à quatre arches de même. »
( - La couleur verte évoque la vallée, les coteaux et les vignobles ;
- Le chevron marque l’inflexion de la rivière d’où la commune tirerait son antique nom de FLEXUS ;
- Le pont symbolise le viaduc de 30 arches (que longe la route D 20) et rappelle les anciennes activités portuaires, de halage et de passage.)